با شروع پروژه در سال 2010 میلادی، به جمع‌آوری، تولید و پردازش داده‌های مورد نیاز ابزار پرداخته شد. ضمن برگزاری کارگاه‌های تعاملی، جلسات متعدد و نشست‌های تخصصی سعی در ایجاد درک مشترک از چالش‌ها در بین ذی‌نفعان و ذی مدخلان حوضه گردید. مطالعات جانبی نظیر تغییر اقلیم، داده‌های مکانی، نقشه سنگ کف، نقشه یکپارچه خاک، نقشه کاربری اراضی، هیدرولوژی آب‌های سطحی صورت پذیرفت. برای بهبود درک اندرکنش آب سطحی و زیرزمینی حوضه به توسعه مفهومی و کاربرد مدل آب‌های زیرزمینی پرداخته شد. معرفی و شناساندن حوضه زاینده‌رود در جوامع بین‌المللی شکل گرفت. برای تقویت همکاری‌های بین بخشی و فرابخشی تلاش شد. ساختار اولیه ابزار مدیریتی WMT، طرح‌ریزی گردید. در مرحله دوم (2019-2015) با در دسترس قرار گرفتن یک پایگاه داده که در مرحله قبل توسعه داده شده بود، توسعه راهبردها و ابزارها برای اجرائی نمودن مفهوم مدیریت یکپارچه منابع آب مورد توجه قرار گرفت و ابزار WMT با امکان تولید و پردازش سناریوهای مدیریتی ارائه شد. در این مرحله علاوه بر ابزار مدیریتی، به تجزیه و تحلیل سازمان حوضه‌های آبریز در ایران و حوضه زاینده‌رود پرداخته شد. آسیب‌پذیری و شناسایی پتانسیل تغییر و تحول در بخش کشاورزی ارزیابی شد. راهکارهای کاهش مصرف آب و توسعه پایدار صنایع بزرگ و شهرک های صنعتی بررسی گردید. امکان بهینه سازی مدیریت مصرف شرب و بهره‌برداری از تصفیه‌خانه‌های فاضلاب شهری مورد تحلیل قرار گرفت و به‌منظور انتقال دانش و ظرفیت‌سازی علمی، مرکز آموزش عالی ایران و آلمان راه‌اندازی شد. مرحله سوم پروژه که چند سالی با توقف زمانی روبرو شد و عملا غیرقابل انجام تلقی می‌شد مجدداً راه‌اندازی و تمدید گردید. آموزش، به‌روزرسانی و استقرار مدیریت یکپارچه در حوضه زاینده‌رود در این مرحله در حال انجام است.